Velká pouť se konala vždy na slavnost Nejsvětší Trojice osmou neděli po Velikonocích, dále se držela pouť v oktávu, tedy týden po Velké pouti, tzv. Malá (německá) pouť pátou neděli po Velikonocích, na sv. Annu, Růžencová v prvním říjnovém týdnu a až do roku 1938 na svátky svatodušní také pouť jihlavských střelců. V roce 1935 přibyla i pouť k sv. Janu Boscovi, jemuž byla v chrámu postavena socha, ke které přinášeli vděční prosebníci zlatá srdíčka. Kromě těchto poutí přicházela ve své sváteční dny také procesí z okolních obcí.
V dobách největší slávy v 18. století přicházelo za rok na Křemešník až 700 procesí z celých Čech, Moravy, Slezska, Bavorska a Rakouska. Pro potřeby poutníků byly před vstupem do ambitů na prostranství vpravo od stromořadí postaveny dřevěné boudy polních kuchyní s otevřenými ohništi, kde se mohli účastníci poutí najíst, napít a popřípadě i vyspat. Boudy patřily pelhřimovským měšťanům, kteří získali povolení zde provozovat živnost, a mimo poutí byly opuštěné.